В соответствии с Уставом, утвержденным приказом Федерального агентства водных ресурсов от 1 июля 2009 года №133, основными целями деятельности учреждения являются:

• Осуществление мер по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий, мероприятий по охране водных объектов, находящихся в федеральной собственности, предотвращению их загрязнения, засорения и истощения вод, а также мер по ликвидации последствий указанных явлений на Чебоксарском водохранилище, территории Республики Марий Эл и на иных территориях Российской Федерации по указанию Учредителя.
• Эксплуатация находящихся в оперативном управлении Учреждения гидротехнических сооружений и водохозяйственных систем.
• Информационное обеспечение Верхне-Волжского бассейнового водного управления Федерального агентства водных ресурсов по вопросам состояния и использования водных объектов и их водных ресурсов, технического состояния и эксплуатации гидротехни-ческих сооружений и водохозяйственных систем в зоне деятельности Учреждения.

В оперативном управлении Учреждения находятся объекты федеральной собственности общей балансовой стоимостью 1275,7 млн. рублей, в том числе: объекты инженерной защиты р.п. Юрино и Юринской сельхознизины 695,5 млн. рублей, объекты инженерной защиты г. Козьмодемьянска 493,5 млн. рублей, первый ярус защитной дамбы н. п. Сумки 30,4 млн. рублей, берегоукрепление в с. Сидельниково - 56,2 млн. рублей.
В состав основных гидротехнических сооружений  входят: дамбы обвалования общей протяженностью 23,5 км, участки берегоукрепления длиной 5,92 км, сеть осушительных открытых каналов длиной 45,3 км, восемь насосных станций суммарной производительностью 17,4 м3/сек, головной дренаж с девятью водопонизительными скважинами, горизонтальные дренажи протяжённостью 3,1 километра.

На защищаемых территориях проживает 8,5 тысяч человек. В случае прорыва напорного фронта гидротехнических сооружений и затопления защищаемых территорий возможный материальный ущерб оценивается суммой 2426,9 млн. рублей.